El karst de Ojo Guareña se localiza al norte de la provincia de Burgos, en el área conocida como las montañas de Burgos, comarca de Las Merindades, estando delimitado al norte por el Valle de Sotoscueva, mientras que los ríos de Trueba y Neila lo bordean por el este y suroeste respectivamente.
La altitud del Valle de Sotoscueva oscila entre los 680 y 750 metros sobre el nivel del mar, permaneciendo fuertemente encajado entre la vertiente sur de la Serra de los Monteros y la crestería caliza en la que se desarrolla el complejo Kárstico de Ojo Guareña. Este encaspe se extiende de oeste a este, desde el pelado (1027) hasta el Bedón (1080) alternándose una sucesión de cejos lobulados, conocidos localmente como "conchas" con incisiones provocadas en las barreras caliza por los diferentes cursos de aguas que las atraviesan.
En el reverso de este escarpe se extiende una nueva represión bajo las que se desarrollan las galerías de Ojo Guareña, oscilando sus elevaciones entre los 640 metros de la zona central y los más de 800 metros en los bordes. Sobre ella se localizan diversos cerros, entre los que destaca La Mesa (943).
En la vertiente sur de la Sierra de Los Monteros se originan cantidad de arroyos que descienden hasta el Valle de Sotoscueva y se internan en el complejo Ojo Guareña. El mayor en el Río Trema. El Arroyo de la Hoz, afluente del Río Trema también llegó a horadar el bello cañón en el que se infiltra progresivamente alimentando el acuífero Ojo Guareña.
El Río Guareña por fortuna no logró abrirse paso en forma de cañón entre las calizas coniacienses. Desde tiempos inmemoriales se fue internando bruscamente en diferentes sumideros, a medida que su cauce se iba encajando en el valle, de esta forma originó la mayor parte del complejo de Ojo Guareña.
Las precipitaciones caídas sobre la depresión en la que se instala el complejo, por lo general, se infiltran rápidamente entre las calizas fisuradas, formando nuevos cursos de agua totalmente hipogeos que acabarán por alimentar el acuífero. De los conocidos son los más importantes los de Las Cueva de las Yeguas, responsable del drenaje subterráneo de buena parte del Valle del Bedón. A pesar de la intensa infiltración, en el exterior llegan a formarse esporádicos cauces de agua, que en época de lluvia y deshielo recorren durante algunos kilómetros la superficie de Ojo Guareña.
Geomorfología, estratigrafía y tectónica
La principal característica geomorfológica de toda la región es su relieve en cuesta. Esta estructura monoclinal presenta su vertiente septentrional muy abrupta y la meridional bastante suave. En la depresión de Sotoscueva afloran los materiales constituidos por las areniscas calcáreas y calizas arenosas. Bordeando meridionalmente a la depresión se localizan las cuestas cuya crestería resalta nítidamente en la geografía regional: las margas y arcillas arcillosas del Tuorociense y del Conaciense inferior, conforman el talud y actúan de sustrato impermeable para el karst y dan lugar al desarrollo del complejo Kárstico Ojo Guareña.
El norte de la provincia burgalesa se ve afectado por dos grandes estructuras tectónicas, una monoclinal que se prolonga desde la provincia de Cantabria y Vizcaya y otro sinclinal en torno al eje Villarcayo - Valle de Tobalina, el enlace entre ambas se ve afectado por la forma plegada del Río Trema, fundamental para la existencia del karst. En menos de un kilómetro se suceden el Sinclinal de la Mesa, la Falla de Villamartín y el Anticlinal de Retuerta, sus tres ejes discurren paralelos desde el pueblo de Villamartín de Sotoscueva hasta el Diapiro de Gayangos - Salina de Rosío.
El Sinclinal de la Mesa jerarquiza el acuífero de Ojo Guareña, cuyo límite sur vendrá marcado por la Falla de Villamartín y el Anticlinal de Retuerta.
Exokarst
Entre las formas exokársticas debemos reseñar los cañones del Arroyo de la Hoz y del Río Trema, que cortan los niveles karstificables donde se ven jalonados por un sinfín de sumideros, destacando la espectacularidad de las diaclasas en el caso del Trema, por los que poco a poco se sumen, hasta que el curso subaéreo se presenta seco durante la mayor parte del año. Varios kilómetros después y dependiendo de la época del año, una sucesión de resurgencias alineadas en la Falla de Villamartín y escalonadas en el cauce del Río Trema, se encargan de devolver al exterior las aguas que han discurrido por la red de galerías de Ojo Guareña.
Al oeste de karst se localiza el Ventanón, impresionante arco natural que horada el escarpe que bordea el valle del Río Engaña, su anchura es de 30 metros y su altura es de casi 20 metros, parece ser el resto de un Antiquísima forma de conducción hoy hundida, pero fácilmente apreciable en la foto aérea que canalizaría las aguas procedentes de la vertiente sur de los Montes del Somo hacia el Río Engaña, a su vez afluente del Nela.
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